세무조사와 관련된 쟁점이 세법해석의 문제인 경우 조사관서에서 과세기준자문을 신청합니다. 또한 기존 해석사례와 다른 새로운 해석을 하거나 국세행정과 납세자의 권리의무에 중대한 영향이 있는 경우 법령해석심사위원회에 회부하기도 합니다. 세무조사를 받는 납세자가 직접 신청할 수 있는 것은 아니지만, 세법규정에 비추어 납세자에게 유리한 해석이 나올 수 있도록 과세쟁점과 관련하여 사전에 조사관서에 조세전문가의 의견서를 제출하여야 합니다.

과세쟁점이 법률해석과 관련이 없고 사실관계를 판단해야 할 경우, 해당 사안은 과세사실판단자문위원회에 회부됩니다. 이때 납세자는 직접 회부를 요청할 수 없으며, 대신 조사관서가 과세사실판단자문위원회에 회부 여부를 결정하게 됩니다. 또한 조사관서에서는 이 과정을 통해 추후 발생할 수 있는 조세불복에 대한 면책을 받을 수 있으므로, 해당 제도를 적극적으로 활용하는 것이 필요합니다

과세관청에서 납세자에 대한 세무조사 과정에서 조세포탈 및 가공세금계산서와 관련된 범칙혐의가 있는 경우, 일반적인 세무조사에서 조세범칙조사로 전환합니다. 조세범칙조사 전환 여부는 조세범칙조사심의위원회의 심의 의결로 결정되며, 납세자는 조세범칙조사 결과 혐의의 경중에 따라 벌금처분을 받거나 검찰(경찰)에 조세범처벌법위반으로 고발됩니다. 납세자는 조세범처벌법위반으로 고발되는 경우와 특정범죄가중처벌등에관한법률 위반죄로 고발되는지에 따라 형사상 결과가 크게 달라질 수 있으므로, 조세범칙으로 고발되기 이전의 세무조사 단계에서 조세전문가의 조력을 받을 필요성이 있고, 조세범칙조사 또한 세무전문가에게 위임하여 대응하는 것이 매우 중요합니다.